Lumina compte bien profiter de son entrée au lycée pour se refaire une réputation: voyou repenti, il espère enfin plaire aux filles. Mais les mauvaises habitudes reprennent vite le dessus et en deux coups de poings, le voilà devenu la terreur de toutes les lycéennes ! En arrivant chez lui, il se retrouve confronté à Ruri et Chelsea, deux jolies jeunes filles sorties de nulle part. En réalité, elles se sont échappées d'un monde mystérieux, une cité secrète peuplée de ténèbres cachée sous la capitale : Tôkyô Underground ! Lumina se retrouve alors chargé de la protection d'une grande prêtresse pourchassée par une étrange communauté, la Compagnie, qui cherche à la ramener sous Terre.