Hakaru Shindo est un jeune garçon de 11 ans comme les autres. Un jour, alors qu'il fouille le grenier de son grand-père en compagnie de son amie Akira afin d'y trouver quelque chose à vendre, il tombe sur une table de jeu de go d'apparence très ancienne.

En l'examinant, il y trouve des taches de sang qu'Akari, elle, ne semble pas voir. C'est alors qu'il entend une voix qui l'appelle: il a réveillé le fantôme de Sai Fujiwara, un brillant joueur de go de l'époque Heïan, professeur particulier de l'empereur.
Après être entré dans l'esprit de Hikaru, Sai lui explique son triste destin: accusé injustement de tricherie au cours d'une partie, il fut chassé de la capitale et se suicida. Mais son âme tourmentée ne put gagner le ciel et se réfugia dans la table de go, en attendant de trouver quelqu'un qui partage sa passion pour le jeu.

Malheureusement pour Sai, Hikaru n'a pas grand chose à faire du go, qu'il considère comme un jeu pour vieux. Mais, sur les prières de Sai, il rejoint un club et fait la connaissance d'Akira, un jeune prodige du go, fils du meilleur joueur du Japon. Guidé par Sai, il va battre Akira, ce qui va être pour lui le début d'une grande aventure dans le monde de ce jeu millénaire…