Quatorze ans après avoir défait le guerrier immortel Himuro Genma, Jubei se voit à nouveau malgré lui investie d'une mission. Alors que deux clans de démons ninja s'affrontent pour posséder une pierre sacrée, le Hougyoku, celle -ci échoue aux mains de Jubei qui jure de la remettre à la prêtresse de la lumière, gardienne de son pouvoir. Son chemin croise alors celui de la princesse Shigure, seule survivante d’un village dévasté. Mais la destinée de cette dernière semble irrémédiablement lié à la pierre détenue par Jubei. Aidée du vieux moine Dakuan et d’un jeune voleur, Shigure va alors entreprendre la quête de ses origines pour percer le mystère de la pierre de Dragon . Traquée par une horde de démons sauvages, la petite troupe est obligée de s’en remettre à Jubei pour assurer leur survie. Celui dont on raconte que le seul souffle de sa lame suffit à terrasser ses ennemies pourra-t-il défier ces puissances démoniaques et percer le secret du Hougyoku ?

Episode 1 : malheur sur le village caché

Afin d’éviter à son peuple de vivre éternellement dans l’obscurité, Ryoga, jeune ninja du clan Hiruko, s’empare du précieux trésor de son village : la Pierre du Dragon. Poursuivi par les siens et par le clan ninja rival Kimon, il tombe nez à nez sur un étrange ninja solitaire du nom de Jubei Kibagami…

Episode 2 : Le départ

A travers leur parcours, Jubei et Shigure sont séparés. Cette dernière décide de poursuivre son chemin à la recherche de son passé aux côtés de Dakuan et d’un jeune ninja plein de vie nommé Tsubute. Jubei est poursuivi par les démons ninja qui cherchent à lui voler la Pierre du Dragon…

Episode 3 : Hurlement de l’amour coupable

Dakuan souhaite retrouver Jubei et s’octroyer ses services pour la protection de la princesse Shigure contre les attaques incessantes des ninja d’Hiruko et de Kimon. Au moment où le groupe de Shigure est assailli par les ninja des deux clans, Jubei fait son apparition…

Episode 4 : Le Hougyoku dédoublé

Tsubute profite de la nuit pour tenter de voler la Pierre du Dragon mais il est tout de suite appréhendé par Dakuan et Jubei. Ce dernier demande au vieux ninja de lui révéler la véritable identité de Shigure, mais Dakuan élude la question. Survient alors une attaque du démon Azami à l’encontre de Jubei, qui vise à lui dérober la pierre. À la fin du combat, le Hougyoku brisé en deux, et Jubei n’est en possession que d’une des seules parties.