Les membres du Genshiken se rendent tous ensemble à une convention pour faire le plein de nouveaux dôjinshi. Encore tout excité par cette expérience, Sasahara débarque un matin à l’université, où il apprend une nouvelle qui lui fait l’effet d’une douche froide : en raison de leur manque d’activité, certains clubs doivent fermer leurs portes. Parmi ceux-ci, le Genshiken ! Atterrés par ce cruel coup du destin, les membres succombent à la déprime. Ils se résignent à accepter cette fatalité et à se retirer dans leur petit univers de fans, lorsque contre toute attente, Saki prend la situation en main et s'engage dans un combat pour sauver le Genshiken au prix de méthodes assez peu conventionnelles...