Kyoto, An 1863. Le gouvernement du Shogun Tokugawa, en place depuis 200 ans, vit ses derniers soubresauts. Chaque jour, des clans se révoltent et complotent, qui pour soutenir l'Empereur, qui pour assouvir ses propres ambitions. Parmi ceux-ci, il en est un dont le but est d'apporter au Japon une nouvelle ère de paix. A sa tête, Kogoro Katsura, chef des Ishin Shishi, 'Les chevaliers à l'âme noble'. Il rassemble des guerriers sous la bannière des Ishin Shishi et du Kihei-Tai, et les lance dans une guerre clandestine faite d'assassinats et de complots. Parmi ses assassins, il en est un surnommé Hitokiri Battosai, l'assassin à l'épée divine. Mystérieux, taciturne, ses cheveux roux cachent des yeux dont la jeunesse a disparu et dont les reflets sont aussi tristes et durs que l'acier du plus puissant Katana. Son nom est entré dans la légende : Kenshin Himura, le dernier samuraï !